Det blir lagt vekt på at det skal være en prinsipiell forskjell mellom skole og SFO. I stortingsmeldingen "Kultur for læring" (St.meld. nr. 30, 2003–04) står det at skolen er obligatorisk for alle barn, mens SFO er et frivillig tilbud til familier som har behov for det. Derfor er skolen et nasjonalt anliggende, mens SFO er et lokalt ansvar.
SFO faller på mange måter mellom to stoler; Siden SFO er skilt fra skolens faglige del, dekkes ikke innholdet av opplæringsloven og barnets rett til spesialundervisning. Likevel er SFO en del av skolens virksomhet og tilbud som er hjemlet i helse- og omsorgstjenesteloven kan ikke benyttes i SFO.
Kommunen kan kreve utgiftene til skolefritidsordningen dekket gjennom foreldrebetaling, men det er store forskjeller mellom kommuner hvor mye det koster å ha et barn i SFO. Det er også forskjeller i hvilken grad foreldre med barn med funksjonsnedsettelse får dekket skolefritidsordning. Fra 1. august 2003 ble statens øremerkede tilskudd lagt inn i rammetilskuddet til kommunene, og foreldrebetalingen for SFO-tilbudet har økt betraktelig etter denne endringen
Skolefritidsordningen skal ha vedtekter som fastsettes lokalt av kommunen. Vedtektene skal som et minimum inneholde bestemmelser om eierforhold, opptaksmyndighet, opptaksriterier, opptaksperiode, oppsigelse av plassen, foreldrebetaling, leke- og oppholdsareal, daglig oppholdstid, åpningstider samt bemanning og ledelse. Kommunen fører tilsyn med private skolefritidsordninger. Staten fører tilsyn med de kommunale.